A legfiatalabb a Nagy Házak közül, a Hódító Háborúk idején emelkedett fel. Alapítójáról, Orys Baratheonról azt tartják, hogy Aegon, a Sárkány törvénytelen fivére volt. Orys egyre feljebb kapaszkodott a katonai ranglétrán, s Aegon egyik legmerészebb parancsnoka lett. Amikor legyőzte és megölte Gőgös Argilacot, az utolsó Viharkirályt, Aegon nekiadta Argilac kastélyát, földjeit és lányát. Orys feleségül vette a leányt és átvette családja lobogóját, címeit és jelmondatát.

I. Jaehaerys uralkodása alatt, 260 AL környékén Rhaelle Targaryent feleségül vette egy ismeretlen Baratheon-házbeli férfi. A Targaryenek belházasságát figyelembe véve szokatlan egybekelés volt ez, ám nem olyan kirívó, mivel a Baratheon-vérben valamilyen szinten megtalálható a Targaryen-vér is, így a család felmenői "tisztának" tekinthetőek.
Robert Baratheon vezetésével, a Jon Arryn által kirobbantott felkelés során, sikerült elűzni a Targaryeneket Westerosról, habár ez csak jelentős veszteségek árán sikerült. Robert ezután azon a jogcímen, hogy anyai ágon a Targaryenek leszármazottja, benyújtotta igényét a Vastrónra, és a velük járó birtokokra, Királyvárra (King's Landing) és Sárkánykőre (Dragonstone). A Baratheon-ház három részre szakadt. A család fő ága, a királyi Baratheonok, Roberttel az élen, Királyvárban élnek. Királysága megnyerése után I. Robert a testvérét, Stannist nevezte ki Sárkánykő hercegévé, így megfosztva őt a Baratheon-ház eredeti székhelyétől, Viharvégtől (Storm's End), melyet Renly, a legkisebb Baratheon örökölt.

A Viharvégre felesküdött jelentősebb házak: Selmy, Wylde, Trant, Penrose, Errol, Estermont, Tarth, Swann, Dondarrion, Caron
A Sárkánykőre felesküdött jelentősebb házak: Celtigar, Velaryon, Sósvíz, Bar Emmon, Napvár